Sima del Elefante
Este yacimiento está situado en la Trinchera del Ferrocarril y hace más de un millón de años se abre al exterior, para a partir de aquí rellenarse y colmatarse hace aproximadamente 120.000 años, cronología de los niveles que tocan su techo calizo. Tiene unos 18 m de espesor, que comienzan a excavarse en 1996 en sus niveles inferiores. Durante varias campañas de intervención, la Sima del Elefante nos proporciona abundantes restos de fauna como ciervos, hipopótamos, rinocerontes, lobos, linces, osos, zorros, roedores, águila pescadora, galápagos, tortugas, castores… pero tendremos que esperar al verano del año 2000 para recuperar el primer vestigio de actividad humana, una pequeña lasca de sílex que demuestra la presencia humana en este yacimiento hace al menos un millón de años. No acaban aquí las sorpresas de esta cueva, ya que se decide comenzar la excavación en los niveles superiores, y por tanto, más modernos. En el verano del 2001 aparece mucha industria lítica atribuida al Modo 2 además de restos de elefante, hiena, león, caballo, rinoceronte y bisonte... Además en los niveles inferiores se han hallado herramientas líticas pertenecientes al Modo 1 u Olduvayense, principalmente lascas en sílex. Por otro lado los niveles superiores de la Sima del Elefante son los más modernos hay herramientas del modo 3 o Musteriense.
En la campaña de excavaciones de 2006, después de 10 años de excavaciones, se decidió retirar el andamio para poder excavar la parte inferior del yacimiento, por debajo del actual camino de la Trinchera, que son los niveles más antiguos de la Sierra de Atapuerca. Actualmente se ha instalado un nuevo sistema de andamiaje en Elefante con doble finalidad, por un lado para poder continuar la excavación por debajo del nivel del camino actual y por otro lado para convertir el yacimiento en un recurso visitable sin peligro para el público.