Por debajo del paquete sedimentario de la Edad del Bronce, en el que encontramos cenizas y lo que parecen suelos de ocupación –ya que no se corresponden a excrementos ni paja quemados sino a depósitos sedimentarios que contienen industria y cerámica–, encontramos un enterramiento consistente en una fosa que albergaba al menos a seis individuos que sufrieron una manipulación previa a su enterramiento. En este lugar, el nivel 4, es donde se han encontrado fósiles humanos, unos 200 restos tanto osos como dentales de al menos 6 individuos de hace 3800 años, Homo sapiens. No aparecen todas las partes del cuerpo, lo que indica una inhumación de tipo secundario. Los huesos largos están fracturados y los cráneos han sido seccionados, apareciendo sólo el neurocráneo, lo que se denomina “cráneo-copa”. Estos restos de los seis individuos hallados tienen un tratamiento igual, con marcas de corte en los huesos, lo cual nos indica que es un canibalismo de consumo (gastronómico), ya que estas marcas indican que han despellejado y fracturado los cuerpos para comérselos e incluso se ha extraído la medula ósea de los huesos.

Por debajo de esta fosa aparece una fina capa de sedimento estéril, es decir, que se corresponde a un lapso de tiempo que la cueva no estuvo ocupada de aproximadamente 1.400 años. Inmediatamente debajo aparecen las ocupaciones neolíticas, que son parecidas a las de la Edad del Bronce, superponiéndose capas de quema de excrementos y paja con otras que contienen sedimentos con industria y cerámica. También la Cueva del Mirador nos ayuda a conocer las primeras poblaciones de agricultores y ganaderos de la Meseta.