Los objetivos de la Fundación Atapuerca son:
- Apoyar al Equipo de Investigación de Atapuerca (EIA), mediante la concesión de ayudas predoctorales y posdoctorales a la investigación, y mediante la gestión de la campaña de excavación que se realiza cada año en los yacimientos de la sierra de Atapuerca.
- Difundir las investigaciones y los hallazgos sobre evolución humana (en especial los vinculados a los yacimientos de la sierra de Atapuerca), a través del diseño y desarrollo de programas de divulgación científica.
- Contribuir a mejorar el entorno territorial en que se enmarcan los yacimientos de la sierra de Atapuerca.
Para lograr sus fines, la Fundación Atapuerca integra en su Patronato entidades que en su mayoría son privadas pero incorpora también organizaciones públicas. Estos apoyos garantizan la continuidad de un proyecto de investigación único en el mundo.