Los castores (Castor fiber) han habitado los ecosistemas de Atapuerca a lo largo de buena parte de la Prehistoria. Así lo constata el estudio paleontológico de la Dra. Cuenca Bescós y colaboradores, publicado en la revista Quaternary International. Los castores son roedores de gran tamaño adaptados al agua y al bosque, que aportan importante información paleoecológica. Gracias a este estudio sabemos que en los niveles del Pleistoceno inferior, representados en la Sima del Elefante y la Gran Dolina, aparecen restos fósiles de castores que convivieron con los primeros homínidos de la sierra. Su presencia sugiere que la ribera del río Arlanzón discurría cerca de la sierra, aunque no conservan marcas en los huesos que indiquen si estos roedores fueron aprovechados por los humanos o no. Misteriosamente, los castores desaparecen de los registros del Pleistoceno medio de Atapuerca: Gran Dolina, Sima de los Huesos y Galería-Zarpazos. En los niveles del Pleistoceno superior de la Galería de las Estatuas vuelven a aparecer fósiles de castores, indicando que los neandertales tuvieron la fortuna de compartir ecosistema con ellos. También se han recuperado en niveles holocenos de El Portalón fósiles de castor, especie que convivió con los humanos en la península hasta la época romana.