El Centro de Investigación Emiliano Aguirre cuenta también con el archivo, un espacio dedicado a albergar todo el material que no sea bibliográfico de la Memoria de Atapuerca.
Desde 2018 se trabaja en el fondo documental de Emiliano Aguirre. Asimismo, la Fundación ha recibido los fondos de Eudald Carbonell y José María Bermúdez de Castro en febrero de 2025.
La Fundación también ha recibido el archivo personal y científico de José Manuel Cerdá López (1946–2001), figura clave en la promoción cultural y científica de la sierra de Atapuerca.
José María Bermúdez de Castro ha donado su archivo al Centro de Investigación Emiliano Aguirre de la Fundación Atapuerca. El fondo, recibido en julio de 2026, reúne décadas de investigación, documentación académica y administrativa, así como un archivo de más de 8 000 fotografías tomadas en los yacimientos de la sierra de Atapuerca entre 1983 y 2024.