La Fundación Atapuerca es una entidad sin ánimo de lucro con sede en la localidad burgalesa de Ibeas de Juarros, a 3 km de los yacimientos de la sierra de Atapuerca.
La Fundación nació para dar soporte a un proyecto de investigación científica sobre la evolución humana: el Proyecto Atapuerca. Los yacimientos de la sierra de Atapuerca comenzaron a tener especial relevancia científica y social a partir del hallazgo de los restos de la Sima de los Huesos en 1992, y del hallazgo, dos años después, de los restos humanos (de más de 900.000 años) que definieron una nueva especie conocida como Homo antecessor. El Equipo de Investigación de Atapuerca (EIA) recibió en 1997 el Premio Príncipe de Asturias de Investigación Científica y Técnica y en el año 2000 la UNESCO declaró a los yacimientos de la sierra de Atapuerca Patrimonio de la Humanidad. Para promover y contribuir a ese reconocimiento, el 26 de julio de 1999 se constituía la Fundación Atapuerca, por iniciativa de los tres codirectores del Proyecto: Juan Luis Arsuaga, José María Bermúdez de Castro y Eudald Carbonell, con el objetivo amplio de respaldar y difundir el Proyecto Atapuerca. El 7 de julio de 2009 S.M. la Reina Doña Sofía inauguraba la Sede de la Fundación Atapuerca en Ibeas de Juarros (Burgos).