En Cueva Fantasma, la excavación se ha desarrollado en dos sectores: el sector de entrada (CF), con niveles de ocupación neandertal, y la Sala Fantasma (SF), donde se localizan los niveles de actividad de las hienas.
En el sector de entrada, la intervención se ha centrado en el tramo inferior del nivel CF24 (70 000-100 000 años), alcanzando el techo de CF23. Este nivel presenta una escasa industria lítica, reducida a dos restos de talla (sílex y cuarcita), y una abundante acumulación de restos de caballo y, en menor medida, carnívoros como las hienas. Algunos huesos conservan fracturas intencionadas para la extracción de médula ósea, prueba de actividad humana. En la contigua Covacha Norte se ha excavado el nivel CF26A (60 000-80 000 años), que ha proporcionado una destacada colección de raederas de tipo Quina y puntas, confirmando una ocupación neandertal de carácter esporádico.
La campaña de 2026 ha confirmado que el cubil de hienas de Sala Fantasma se prolonga hasta la pared norte de la cavidad. La excavación del subnivel SF30A y del techo de SF30B ha permitido identificar una excepcional letrina de hiena, con una elevada concentración de coprolitos. Los restos recuperados incluyen abundantes huesos de caballo, y cérvidos y bóvidos, junto con restos de hiena, león y otros carnívoros, correspondientes a la ocupación más reciente del cubil (40 000-50 000 años).
Por último, la intervención en el sondeo estratigráfico se ha centrado en el perfilado de los niveles CF23 a CF21, destacando el nivel paleontológico CF21, datado en el Pleistoceno medio (300 000-350 000 años), por la presencia de numerosos coprolitos y huesos de hiena, junto a restos de osos, rinocerontes y caballos.